Ein Großteil des Landes wurde im Krieg zerstört. Der Bazaruto Archipel vor der Küste Mosambiks ist eines der wenigen Gebiete, die vom Krieg relativ verschont blieben. Der Archipel ist ein einzigartiges Ökosystem mit einer überwältigenden Vielfalt an Pflanzen- und Tierarten. Hier findet man Bestände an Seekühen, sowie nahezu unberührte Korallenriffe. Fregattvögel, Falken, Krokodile, Meeresschildkröten, Antilopen, Nagetiere, Echsen und Schlangen beleben die riesigen Sanddünen und das Buschland.

Andere Gebiete wie das Elefantenschutzgebiet "Maputo Elephant Reserve" oder der Zinave-Nationalpark wurden im Krieg verwüstet und der Tierbestand von Wilderern stark dezimiert. Seit Ende des Krieges wurden neue Schutzgebiete eingerichtet, wie zum Beispiel der Chimanimani Nationalpark in einer Gebirgslandschaft im westlichen Mosambik, die noch viele seltene Pflanzenarten beherbergt. Auch das Schutzgebiet Nyassa Reserve bei Malawi, das im Krieg stark verwüstet wurde, bietet heute zahlreichen Tier- und Pflanzenarten neuen Lebensraum.